יישום תוכנית הלימודים כהלכה מותנה במידה משמעותית בדרכי ההוראה ובהערכה. דרכי ההוראה נגזרות הן ממבנה הדעת, הן משיטות החקר המקובלות במחקר האקדמי, והן מן הצורך לנקוט אסטרטגיות מגוונות ההולמות את המטרות השונות של התוכנית ואת השונוּת של התלמידים .
על כן מומלץ לנקוט בשיטות הוראה רבות ומגוונות, ועל המורים להתאים את דרכי ההוראה והלמידה לרמת התלמידים (גיל, כישורים, יכולות אינטלקטואליות) ולנושאים הנלמדים. זאת מתוך הבנה כי לנושאים שונים ולתלמידים שונים מתאימות דרכי הוראה שונות. לשם טיפוח כושר הערכה, שיפוט ודיון בשאלות ערכיות מתאימה המסגרת הקבוצתית או הכיתתית יותר משיטת הלימוד האינדיווידואלית. תפקיד המורים בתהליך ההוראה-למידה הוא להנחות את תלמידיהם, ולא רק להיות להם למקור ידע .
למידה פעילה:
תפקידו של החינוך הוא לעזור לתלמידים לממש את הפוטנציאל הטמון בהם ולטפח לומד ולומדת עצמאיים. לכן כל שיטת לימוד המערבת את התלמידים בתהליך הלמידה תורמת למימוש תפקיד זה.
ככל שתגבר מעורבותם של התלמידים בתהליך הלמידה, כך תהיה הלמידה משמעותית יותר. בין אם לימוד בשיטת החקר והגילוי, בין אם במשחק תפקידים, משחק הדמיה או עריכת משפט היסטורי ובין אם בדיון בכיתה. בכל שיטות הלימוד צריכים התלמידים, בראש ובראשונה, להיות אמונים על העובדות ועל הפרטים של ההתרחשות ההיסטורית. רק על בסיס ידע אפשר לגבש דעות ולפתח מיומנויות וכישורי חשיבה מרמות שונות. על כן מומלץ להפנות את התלמידים לארכיונים היסטוריים, כמו הארכיון הציוני, יד ושם או בית התפוצות. כמו כן, מומלץ להפגיש את התלמידים עם אנשים שהשתתפו באירועים ההיסטוריים הנלמדים, כמו ניצולי שואה, פעילי עלייה ,לוחמים ומעצבי מדיניות .
דיון בכיתה:
שיעור הנבנה סביב יסוד מארגן, כמו בעיה מרכזית המתמקדת בהתמודדות של אנשים שהשתתפו בעיצוב תהליכים היסטוריים. שיעור זה מונחה על ידי מורה. במהלך הדיון נחשפים התלמידים ללבטים, לדילמות, לסיכויים ולסיכונים שלקחו על עצמם האנשים לפני קבלת ההחלטות, וכן לגורמים המסייעים והמורכבים שהשפיעו עליהם .במהלך הדיון מתקיים דיאלוג בין המורים לתלמידים ובין התלמידים לבין עצמם. התלמידים נדרשים לקיים את כללי ניהול דיון בקבוצה ולהביע עמדות מנומקות על סמך ידע נרכש. דרך לימוד זו מגבירה את המוטיבציה, תורמת להפנמת הנלמד ומפתחת תרבות דיון.
משחקי הדמיה:
משחקי הדמיה יכולים לבוא לידי ביטוי במשחק תפקידים ובעריכת משפט היסטורי. שיטות לימוד אלה, שבהן התלמידים נדרשים להיכנס לנעליהן של הדמויות ההיסטוריות שאותן עליהם לגלם או לייצג, תורמות לפיתוח יכולתם של התלמידים לגבש דעות ועמדות, וכן לפיתוח כושר ההערכה והשיפוט הנרכשים תוך עימות בין דעות ועמדות שונות. באמצעות שיטות לימוד אלה התלמידים מפתחים הבנה והזדהות עם הדמויות או עם הנושאים המועלים.
למידת חקר:
בשיטת החקר לומדים התלמידים בדרך הגילוי – הם מגלים בכוחות עצמם ידע קיים ומוכר. תוך כדי לימוד עצמי הם עוסקים בזיהוי בעיות ופתרונן ובהעלאת השערות .הם מנסחים טיעונים, ועומדים על תהליכים ועקרונות, מבינים אותם ומגיעים למסקנות. למידה בשיטת החקר מעניקה ללומדים העברה של עקרונות והכללות ִמִפְּעילוּת אחת לתחומים שונים. במהלך הלמידה מפתחים התלמידים יכולת חשיבה ברמה גבוהה, וכן מיומנויות כמו זיהוי בעיות, העלאת השערות, הנמקות לביסוס עמדות והסקת מסקנות.