תוכנית שורשים המתחדשת "מדור לדור" במתכונת החדשה, מבוססת על שלושה נדבכים מרכזיים:
- לימוד: התוכנית מלווה בלימוד בכיתה של היבטים שונים של זהות אישית, יהודית וישראלית. לימוד מקורות ותכנים מארון הספרים היהודי ומהתרבות הכללית, הנוגעים ישירות לעבודת השורשים ומעמיקים אותה.
- תהליך רב-שנתי אישי, משפחתי וקהילתי: התוכנית נמשכת לאורך מספר שנות לימוד. במהלך כיתות ה-ט תוצע תוכנית המשלבת את המשפחה והקהילה.
- הדגשת חקר אישי: העבודה בכל שלביה מכילה ממדים של חקר בהיקפים וברמות שונות, בהתאם לגיל ולשלב בהכנת העבודה. בכך כל התלמידים מרחיבים ומעמיק את עבודת השורשים בכל שנה מתוך תהליך אישי של שאילת שאלות, חקירה ונקודת מבט ייחודית.