ספר במדבר עוסק בדרכו של עם ישראל מהר חורב, מקום קבלת התורה והשראת השכינה, אל ארץ ישראל. בחלקו הראשון מחנה ישראל מתקבץ לשבטיו סביב משכן ה' ונעשות הכנות לקראת המסע והגשמת ייעודי האומה בארץ ישראל. המשכו של חלק זה במסע במדבר "הגדול והנורא, נחש צייה ועקרב וצימאון אשר אין מים". זהו מבחן אמונה גדול שעליו אמר הכתוב "זכרתי לך חסד נעורייך אהבת כלולותייך לכתך אחריי במדבר" (ירמיה ב ב). סיומו של חלק זה בתלונות במדבר המגיעות לשיאן בחטא המרגלים ובגזרת מות בני דור המדבר. חלקו השני של ספר במדבר, החל מפרק כ, מתרחש בשנה הארבעים ליציאת מצרים ומתאר את מסעותיו והכנותיו של דור חדש, דור הבנים, לקראת הכניסה לארץ ישראל.
התוכנית השנתית נועדה לתת מענה למורים לאחר שלב ההכנה של תוכן הפרקים הנלמדים. המורים נדרשים לבחור את התכנים שיציגו לתלמידים. מספר השעות השנתי מוגבל והתכנים רבים. התוכנית השנתית מציעה חלוקה של שעות לנושאים בספר. רמת הפירוט משתנה על פי הנושא והגיל. בתי ספר המקדישים שעות רבות יותר לכל נושא יוכלו להרחיב במקומות שבהם קיצרנו. בתוכנית מובאת גם רשימת דיבורי המתחיל ברש"י.