שתי יחידות הוראה העוסקות במבנה החומר:
היחידה הראשונה מיועדת להבהרת המושגים: אטום, מולקולה, יסוד ותרכובת; היחידה השנייה מרחיבה ומעמיקה את הבנת מבנה היסודות ותכונותיהם, מבנה טבלת היסודות ומבנה האטום.
בפעילויות בשתי היחידות מושם דגש על מענה לקשיי התלמידים. הפעילויות מקיפות את חומר הלימוד המועבר בכיתה וכוללות עבודה פרטנית של התלמידים לצד הערכה מתקנת של המור, והן משלבות אמצעי הוראה מגוונים דוגמת אנימציות, שימוש במודלים, שימוש במאגרי מידע מקוונים וצפייה בסרטונים. חלקה האחרון של היחידה כולל מבדק הערכה שמטרתו למדוד את הישגי התלמידים.
