
מטרות החינוך המדעי הן הבנייה של ידע ומיומנויות וטיפוח עניין במדע ומתמטיקה בקרב התלמידים. טיפוח אוריינות מדעית, אוריינות מתמטית והיכולת לחשיבה ביקורתית ויצירתית, עבודת צוות ותחושת מסוגלות עצמית מהווים בסיס ליכולת קבלת החלטות אישיות וציבוריות לצד הזדמנות למימוש עצמי והשתתפות בעתודת המחקר והפיתוח בישראל.
מטרות אלו מובילות את עבודתם של חברי הצוות באגף מדעים במזכירות הפדגוגית. אגף זה מקדם את ההוראה, מפתח תכניות לימודים ומוביל תהליכי התפתחות מקצועית של מורי המתמטיקה ומורים ולבורנטים במקצועות המדעים מגן עד י"ב.
בבית הספר היסודי ובחטיבת הביניים, האגף ממונה על תחומי הדעת מדע וטכנולוגיה, מתמטיקה ומדעי החקלאות. בחטיבה העליונה האגף ממונה על תחומי הדעת מתמטיקה, כימיה, פיזיקה, ביולוגיה, מדעי כדור הארץ, מדעי הסביבה, חקלאות ומדע וטכנולוגיה לכל (מוט"ל). כמו כן ישנם נושאים חוצי-תחומים שבהם מתרחשת הכרה והבנה של תופעות, עובדות, מושגים ורעיונות מדעיים לדוגמה הנושא שינוי האקלים או הגישה הבינתחומית לחינוך בתחומי ה- STEM .