הכלה ארגונית מאפשרת גמישות בבניית מערכת השעות, הבניה מותאמת של קבוצות הלמידה, סביבות העבודה והלמידה, סדר היום ועוד. היא מקודמת באמצעות שבירת דיכוטומיות – מקום, זמן, גיל, שיח מקצועי, למידת עמיתים מדיסציפלינות שונות, פיתוח מקצועי מותאם לתפיסת ההכלה וקשר אישי של תלמיד עם מבוגר משמעותי.